ووجهت المحكمة الجنائية، في العام 2009، اتهامات للبشير بارتكاب جرائم حرب تتضمن إبادة جماعية، وجرائم ضد الإنسانية تشمل القتل والإبادة والنقل القسري والتعذيب، خلال فترة النزاع في إقليم دارفور (غرب)، الذي اندلع في العام 2003.
ورفض السودان الاتهامات، كما رفض الاعتراف بالمحكمة الجنائية الدولية التي اعتبرها أداة سياسية يحركها الغرب ضد قادة دول العالم الثالث، وخاصة القادة الأفارقة.
وطبقاً لبيان صادر عن الخارجية السودانية، فإن اجتماعاً عقد أمس الخميس بأديس أبابا، للجنة الاتحاد الأفريقي الوزارية مفتوحة العضوية، بشأن المحكمة الجنائية الدولية، أكد على ضرورة استمرار جميع الدول الأعضاء في الاتحاد الأفريقي بالامتثال لمقررات الأخير حول المحكمة الجنائية الدولية.
وتحدى الرئيس السوداني، عمر البشير، أوامر المحكمة الجنائية الدولية بالقبض عليه بالسفر إلى كثير من الدول، بما فيها دول موقعة على ميثاق روما المؤسس للمحكمة، ومن ضمنها جنوب أفريقيا والأردن وبورندي، عدا عن سفره إلى روسيا والصين وتركيا وإيران وأغلب الدول العربية.
وذكرت الخارجية السودانية، في بيانها، أن الإجتماع الوزراي الأفريقي أكد رفضه التام لإستهداف المحكمة للدول الأفريقية، و"تعطيلها" للخطوات التى تتخذها الدول على المستوى الداخلى لـ"تحقيق العدالة والمصالحات".
ورحب الاجتماع بالمقرارات التى اتخذتها بورندى وجنوب أفريقيا بالانسحاب من المحكمة الجنائية الدولية، وحث الدول الأعضاء للتوقيع والمصادقة على بروتوكول مالابو الأساسي للمحكمة الأفريقية لحقوق الإنسان لتفعيل الآليات الإفريقية لتحقيق العدالة.