وفي عام 2001، نقل الرئيس الجزائري مدلسي في حكومته الثانية إلى وزارة المالية، قبل أن يعيَّن في العام التالي مستشارا في الرئاسة حتى عام 2005، حيث عاد مجدداً إلى وزارة المالية حتى عام 2007.
وشهدت تلك الفترة ما يُعرف بفضيحة البنك الخاص، المعروف باسم "الخليفة"، والتي استدعت فيها المحكمة مدلسي، باعتباره وزيراً للمالية في الفترة التي تمت فيها الموافقة على إنشاء البنك الخاص والتحويلات غير القانونية لتهريب الأموال التي كان يقوم بها إلى الخارج. وأثار تصريحه حينها حول أنه لم يكن ذكياً في التعامل مع ملف "الخليفة"، جدلاً في الجزائر، إذ اعتبرت أوساط قانونية أنه يتحمل جزءاً من المسؤولية في هذه القضية.
وعُين مدلسي لاحقاً وزيراً للخارجية، وهو منصب شغله لفترة ست سنوات حتى عام 2013. وشهدت فترة إدارته للخارجية جدلاً سياسياً وإعلامياً كبيراً، بسبب جملة من تصريحاته المثيرة، بينها تلك التي أطلقها في اجتماع مع الاتحاد الأوروبي، قال فيها إنه "لولا التاريخ لكانت الجزائر جزءاً من الاتحاد الأوروبي"، وهو تصريح فُهم على أنه يدعم فكرة بقاء الجزائر كجزءٍ من فرنسا.
وفي عام 2013، اختار بوتفليقة، مدلسي رئيساً للمجلس الدستوري، بعد نهاية ولاية رئيس المجلس السابق، بوعلام بسايح. وتعرّض مدلسي لانتقادات شديدة من قبل قوى المعارضة السياسية التي طالبته، في فترة مكوث بوتفليقة في باريس 81 يوماً للعلاج، بإعلان شغور منصب الرئيس، منتقدة قبوله ملف ترشّح بوتفليقة في انتخابات 2014، رغم مرض الأخير.
وجاءت وفاة مدلسي في ظرف سياسي وانتخابي حرج، مع بدء تقدّم المرشحين للرئاسة في الانتخابات التي ستجري في 18 إبريل/نيسان المقبل. ويتعين على الرئيس الجزائري تعيين رئيس جديد للمجلس، حيث يلزم الدستور رئيس المجلس بتسلّم ملفات المرشحين للرئاسة شخصياً، والإشراف على قبول أو رفض ملفاتهم، والإعلان عن نتائج الانتخابات، وتسمية الفائز بمنصب رئاسة الجمهورية.