بما أن الأزمة الحالية في تونس سياسية، فهذا يعني أن الحل ينبغي أن يكون سياسيا وشاملا، لا أن يقتصر على مأزق التعديل الحكومي فحسب، بل يتجاوزه لمعالجة الإخلالات في نظام الحكم ورفع اللبس عن فصول دستورية عمقت بصمتها الأزمة الراهنة.
قدرة حركة النهضة في تونس على إدارة الاختلاف تبدو أقل بكثير من السابق، في ظل ما تفرضه توازناتها الداخلية الجديدة. لكن ذلك كله لا يعني أنها ستسلم بسهولة في موقع المشاركة في الحكم، والاستمرار في ائتلافٍ حكومي تفرضه الضرورة.
مواقفه الخارجية تثير جدلا متواصلا في تونس، فالرئيس يرى أن سياسة بلاده الخارجية ينبغي أن تعكس روح الثورة، التي كانت قاطرة للتغيير عربياً. وكان المرزوقي أول رئيس دولة عربية يعلن قطع العلاقات الديبلوماسية مع دمشق.